目前的培養過程已經有針對性的采取了不少特殊培養方式，如進校不離崗\"的學習方式，分段學習，集中授課，分散消化\"的授課方式等。盡管形式上體現出了工程碩士與工學碩士的不同，然而在內在的教學細節上卻仍沿用工學碩士的培養方案，課程體系不甚合理，也未真正采用適合工程碩士的特色授課方式，仍然用通過筆試考核工程碩士的課程學習等。這此問題使得工程碩士生的培養質量不能滿足企業需求，也難以真正發揮學校的培養優勢。
1、工程碩士課程設置問題分析
對某高校工程碩士、MBA, EMBA的課程設置情況作對比分析。
分析看出，該高校的工程碩士課程體系方面主要存在以下問題。
第一，課程學分和學時偏少，公共必修課(包括政治、英語、數學、計算機)比例過大，專業基礎課和選修課偏少
第一，課程設置不夠靈話，整體選修課較少這與工程碩士課程應該具有的寬廣性和綜合性是不相符合的。
第三，缺乏實踐應用課程和學科前沿知識獲取環節。工程碩士的課程應該反映當代上程科學技術發展前沿的最新水平，強調上程領域的新技術、新材料和新上藝等的學習與實踐，培養其將理論知識與上程實踐相結合的能力，這樣才能培養出高水平的工程碩士，從而給企業發展創新帶來良好效益，改工程碩士課程設置必須加強實踐環節和學科前沿知識。
2、工程碩士教學方式問題分析
EMBA培養方案明確闡述了研討式、4.動式的教學方式:課程學習應強調理論聯系實際，重點培養思維能力、決策能力和綜合能力，研究我國企業管理中的深層次問題，并要求師生勺_動，促進理論與實際的結合，實現教學相氏，提高教學水平
而在工程碩士培養方案中沒有對授課方式做明確詳細的規劃，說明在政策導向上沒有提侶和規定應該采取針對工程碩士的教學方式，這使得所謂的注重實踐動手能力和解決問題的綜合能力\"更沒有了保障，未能采取合適的教學方式，必然很難提高教學質量
3、工程碩士考核方式問題分析
為了保障專業學位碩士生的授課質量，某高校對工程碩士的數學類課程和英語進行統考，并專業學位辦統一管理對這類公共課程的教學大綱、課程內容、教學要求進行統一，同時實行校內外教學點統一命題、考試與閱卷，體現出高標準、嚴要求然而，調查卻發現學生們很擔心課程統考，囚為統考過不了學分修不夠，就無法順利畢業然而他們基礎差，而且學習時間非常有限，囚此，目前的統考方式也未能使得工程碩士的數學與英語能力有真正意義上的提高，還需要探索新的有效方法。
